對于一方拒絕親子鑒定，是推定親子關系存在，還推定親子關系不存在?或者說是推定對原告有利，還是推定對被告有利?也涉及到價值判斷和選擇問題。對此，只要對兩種不同推定所產生的不同后果，以及兩種不同推定的救濟途徑進行比較分析，就可以得出正確的選擇。

　　1.兩種推定可能出現不同后果之比較

　　(1)有利于被告推定可能出現的不利后果。在婚生子女否認之訴中，一般是由丈夫作為原告(也不排除妻子或子女作為原告)提起訴訟的，如果丈夫提起親子否認之訴后，妻子拒絕子女作親子鑒定，推定婚生子女與丈夫存在親子關系，其后果如前所述，即可能會使婚姻關系中的丈夫因此喪失生育權，造成終身無子女，并造成撫養上的財產損失和終身精神痛苦等。

　　在親子認領之訴中，被指認父親拒絕鑒定時，如果作出有利被告的推定，即推定非婚生子女與指認父親不存在親子關系，則可能會造成子女有母無父，給子女帶來撫養上的困難和精神上的痛苦。

　　(2)有利于原告推定可能出現的不利后果。如果在婚生子女否認之訴中，妻子(或子女)拒絕親子鑒定時，推定婚生子女與丈夫不存在親子關系，或者在親子認領之訴中，被指認父親拒絕親子鑒定時，推定非婚生子女與被指認父親存在親子關系。這樣推定所造成的不利后果，主要有：一是可能推定錯誤;二是容易造成或助長非婚子女或生母亂行親子認領之訴權，隨便指認他人為父，侵害他人的權利。但仔細分析，這兩種負面效果是有限的。

　　第一，雖然可能存在推定錯誤的情況，但與推定被告有利相比，推定錯誤的概率要小一些。也就是說，在被告拒絕鑒定的情況下，推定原告承擔不利后果，其錯誤的概率還要大一些。

　　第二，從一般情理上講，母親不會枉指一個與自己沒有任何關系的男子為子女的父親。子女只有一個父親，作為子女的母親不可能，也沒有必要指認其他人為子女父親，自取其辱。

　　通過上述不利后果比較，在被告拒絕親子鑒定時，從整體利益上考慮，推定被告承擔不利后果效果更好。

　　2.兩種推定救濟途徑的比較

　　(1)推定原告承擔不利后果，原告沒有救濟途徑。在被告拒絕鑒定的情況下，推定原告承擔不利后果，原告將失去任何救濟的途徑或手段，可謂“叫天不應”。

　　(2)推定被告承擔不利后果，被告有救濟途徑。第一，推定被告承擔不利后果，如果被告確信推定錯誤，被告可以通過親子鑒定途徑否認推定，糾正錯誤推定。第二，對于亂行親子認領權也有救濟和 預防途徑。如果確實發生了亂行親子訴訟權的行為，可以通過強化法律制裁予以救濟，如由亂行指認生父者承擔侵權責任。

　　通過上述比較，從兩種推定的救濟渠道或途徑看，我們應當作出何種價值選擇，一目了然。

　　3.舉證責任與兩種推定關系的比較

　　對于親子訴訟的舉證責任分配問題，許多人認為，根據民事訴訟法一般舉證責任的規定，“誰主張，誰舉證”。因而，在非婚生子女認領之訴中，原告(女方或子女)應當拿出有效的證據證明男方是子女的親生父親;在婚生子女否認之訴中，原告(男方)應當拿出有效的證據證明自己不是子女的親生父親。只有這樣，原告的權益才會得到法律的保護;否則，應當承擔舉證不能的敗訴責任。這種理解是片面的。

　　根據最高人民法院《關于民事訴訟證據的若干規定》第7條：“在法律沒有具體規定，依本規定及其他司法解釋無法確定舉證責任承擔時，人民法院可以根據公平原則和誠實信用原則，綜合當事人舉證能力等因素確定舉證責任的承擔”。親子訴訟，就是屬于上列情況，應當根據公平原則和誠實信用原則，綜合當事人舉證能力等因素確定舉證責任的承擔。在親子訴訟中，當原告完成了必要舉證或其陳述的事實具有較高的可信度時，或已經達到舉證不能的程度，其證明責任即已完成。被告如果否認，則發生舉證責任的轉移，被告應當就此承擔舉責任。如甲女提供了與乙男交往的書信和照片，以及當年的房東證實甲女與乙男曾經在一起同居過的證據，而這個時間和甲女懷孕的時間正好是吻合的。同時，甲女所生子女丙和乙男長得又十分相似。這時甲女仔自己的能力范圍內已經完成了舉證的義務，如果乙男不承認是孩子的親生父親，那就該由他來舉證了。因為被告有責任證明其否認親子關系的理由成立，更為重要的是否認親子關系的舉證能力(特別是親子鑒定)只有被告具備，原告缺乏這種證明能力。因此，被告應當就其否認主張承擔舉證責任。如果他不肯為自己舉證(包括作親子鑒定)，那他就要承擔相應的不利后果。

　　而且如果真的發生推定錯誤，從舉證責任和舉證能力來考察，推定被告承擔不利后果也是合理的。因為這種推定錯誤只能通過事后的鑒定來證明，而被告在推定之前完全有能力(或條件)通過鑒定澄清事實，并追究原告的法律責任。而被告卻拒絕鑒定，因而造成錯誤推定，他自己當然負有責任。但如果被告拒絕鑒定，作出不利于原告的推定判決，則對原告不公平。因為原告不具有鑒定的舉證責任和能力，這種推定錯誤，完全是被告拒絕鑒定造成的，原告沒有任何過錯。

　　總之，無論是從推定所產生的不利后果、救濟途徑來看，還是從舉證責任分配來看，對于親子關系訴訟案件，應當推定拒絕鑒定者(被告)承擔不利后果。